Aktivitas penambangan nikel di pulau-pulau kecil seperti di Raja Ampat, berpotensi menimbulkan dampak sedimentasi mengganggu ekosistem laut dan terumbu karang.
Satu perusahaan tambang nikel di Raja Ampat PT ASP terancam pidana karena melakukan pencemaran akibat settling pond yang jebol di kawasan suaka alam ini.