Aktivitas penambangan nikel di pulau-pulau kecil seperti di Raja Ampat, berpotensi menimbulkan dampak sedimentasi mengganggu ekosistem laut dan terumbu karang.
Presiden Prabowo Subianto beralasan izin kontrak karya (KK) PT GAG Nikel di Raja Ampat tidak dicabut karena dinilai sesuai amdal & punya kontrak hingga 2047.
Satu perusahaan tambang nikel di Raja Ampat PT ASP terancam pidana karena melakukan pencemaran akibat settling pond yang jebol di kawasan suaka alam ini.