Sebanyak 1.442 personel gabungan disiapkan untuk mengamankan kunjungan itu. Selain dari TNI, pengamanan juga melibatkan Polri serta dari pemerintah setempat.
Seorang Paskibraka terjatuh dari tiang ketika membetulkan letak tali yang menyangkut di Bendera Merah Putih. Tiang tersebut patah. Beruntung dia tak cedera.
Perwakilan pembawa amanat Warga Desa Komodo yang menolak relokasi Pulau Komodo, menginginkan bisa mengatakan langsung aspirasi mereka kepada Presiden Jokowi.